《条例》及配套规章规定，我国对农业转基因生物实行分级分阶段安全评价制度，农业转基因生物安全委员会负责农业转基因生物安全评价工作。安全评价按照实验研究、中间试验、环境释放、生产性试验和申请领取安全证书五个阶段进行。美国和欧盟一般分为实验研究、环境释放和解除监管（商业化应用）三个阶段，并且不同于国外仅评价转化体，我国既评价转化体也评价衍生品种。
安全性评价内容主要包括食品安全性和环境安全性二部分。食品安全性评价涉及营养学、毒理学和过敏性等。环境安全性评价包括转基因生物的生存竞争能力、基因漂移的生态风险、对非靶标生物和生物多样性的影响，以及靶标生物的抗性风险与治理等。