截至目前，农业部从未批准任何一种转基因粮食作物种子进口到中国境内商业化种植。
依据《条例》及配套规章，农业部对进口农业转基因生物按照用途分三类进行管理：一是用于研究和试验的，二是用于生产的，三是用作加工原料的。进口用作加工原料的农业转基因生物安全证书申请程序包括两个环节：一是境外研发商向农业部申请安全证书，经我国第三方检测机构在中国境内检测，并经安委会评审合格的，由农业部批准发放进口用作加工原料安全证书。二是境外贸易商凭研发商获得的安全证书等资料，向农业部申请进口安全证书，农业部批准后发放每批次进口安全证书。
截至目前，经安委会评审，农业部已先后批准了转基因棉花、大豆、玉米、油菜四种作物的进口安全证书，除棉花外，其余进口作物用途仅限于加工原料。农业部至今没有批准任何一种转基因粮食作物种子进口到中国境内商业化种植。