早在1999年，我国农业部就批准了5种转基因植物的商业化生产，包括抗虫棉花、改变花色的矮牵牛、延熟番茄、抗病毒甜椒和番茄。之后，还批准了转基因木瓜和转基因杨树的商品化生产。但是，目前我国种植的转基因农作物主要是抗虫棉。截止2008年，我国转基因抗虫棉累计种植面积超过了2亿亩，使生产成本降低了20%以上，每年经济效益可达50亿元以上，已累计为棉农带来收益400多亿元。种植转基因抗虫棉后，每公顷抗虫棉化学农药用量减少了约47公斤，国内每年化学农药的使用量减少1-1.5万吨，相当于我国化学杀虫剂年生产总量的7.5%左右；棉田生态环境得到明显改善，棉农的劳动强度显著下降，棉农中毒事件降低了70%-80%。
随着我国农业科技的不断进步，我国科学家在植物转基因研究领域整体已接近国际发达国家的先进水平。2009年，我国给予两种抗虫转基因水稻和一种转植酸酶基因玉米颁发了生物安全证书，这一举措具有里程碑意义,对转基因作物在中国、亚洲乃至全世界的应用产生重大影响。