加强农业转基因生物安全管理，是推进转基因技术研究与应用的重要保障。我国政府十分重视农业转基因生物安全管理工作，坚持立法先行、有法可依、执法保障，已经形成了一整套适合我国国情并与国际惯例相衔接的法律法规、技术规程和管理体系，依法实施安全管理取得显著成效。
一是建立健全法律法规。1996年，农业部发布了《农业生物基因工程安全管理实施办法》。2001年，国务院颁布了《农业转基因生物安全管理条例》（以下简称《条例》），对在中国境内从事的农业转基因生物研究、试验、生产、加工、经营和进出口等活动进行全程安全管理。农业部和质检总局制定了5个配套规章，发布了转基因生物标识目录，建立了研究、试验、生产、加工、经营、进口等环节的许可和标识管理制度。
二是加强技术体系建设。经农业转基因生物安全管理部际联席会议成员单位推荐，农业部组建了农业转基因生物安全委员会（以下简称安委会）、全国农业转基因生物安全管理标准化技术委员会，35个检测机构通过国家计量认证和农业部审查认可。大力组织开展转基因生物分子特征、环境安全和食用安全性研究，不断提高技术支撑能力，目前已发布62项技术标准，保障了依法管理工作的需要。
三是科学规范开展安全评价。安委会按照法规和相关技术标准要求，参考国际组织制定的评价指南，遵循科学、个案、熟悉原则，严谨规范地开展评价工作。截至2009年底，批准发放了转基因棉花、番茄、矮牵牛、辣椒、番木瓜、水稻、玉米等植物的安全证书。
四是强化行政监督管理。各级农业行政管理部门切实加强田间试验、品种审定、种子生产经营和产品标识等环节的执法监管，大力开展法规培训和科普宣传，确保各项活动依法有序进行。