发放转基因生物安全证书并不等同于允许商业化生产。按照《农业转基因生物安全管理条例》、《中华人民共和国种子法》和《主要农作物品种审定办法》等法律法规规定，转基因水稻和玉米获得安全证书后，还要根据国家品种审定法规的规定，首先进行严格的区域试验和生产试验，达到标准的才可获得品种审定证书；之后，相关种子企业还要通过严格审核才可获得转基因作物种子生产许可证和经营许可证，方可进行种子生产经营。需要特别指出的是，转基因粮油等主要作物的品种审定不同于普通作物品种审定，有关区域试验和生产试验必须在严格可控的条件下进行。
农业部高度重视农业转基因生物安全管理工作，本着对广大人民群众高度负责任的态度，进一步加大执法监管力度，加强对品种审定、生产、加工、经营等环节的监管，确保产品有标识、能溯源、可控制，切实保障广大人民群众的知情权和选择权，保障转基因生物产业健康持续发展。